Creado por el Dr. Alberto Patricio Ramírez Galván con el propósito de crear un símbolo de identidad para la institución, estudiantes y docentes quienes actualmente lo portamos muy orgullosamente.

El escudo presenta en su parte central la vara de Esculapio o Asclepios que yace erguida sobre el verde campo, al fondo en la parte posterior se encuentra el Frontispicio de la Facultad, en un plano posterior se puede observar el Cerro de San Felipe del Agua, situado al norte de la ciudad y en la parte superior el azul del cielo entremezclado con nubes.

Presenta dos fechas:

1827: corresponde la fundación de la Escuela de Medicina.
1955 : año en que el Instituto Autónomo de Ciencias y Artes del Estado se convierte en Universidad “Benito Juárez” de Oaxaca.

El Báculo es considerado, como su nombre lo dice, un bastón que evoca un ser que constantemente va de un lado a otro, y la serpiente en casi todos los pueblos antiguos, incluyendo el nuestro significa sabiduría y
cambio o evolución. Así mismo ha sido tomado como símbolo de la medicina en el mundo, representando la aspiración a alcanzar el nivel de entrega en la profesión de Esculapio.

El Frontispicio pertenece a lo que fue la ex hacienda de Aguilera, fundada hacia fines del siglo XVII, es un edificio de estilo neoclásico en donde actualmente se encuentra la Facultad de Medicina y Cirugía.

El Cerro de San Felipe del Agua es el paisaje natural que enmarca a la Facultad vista desde el sur. Y es un cerro que actualmente es considerado Parque Nacional “Benito Juárez” y fuente del agua, que desde siempre ha suministrado a la ciudad.

El Campo simboliza la tierra, la objetividad y la vida a preservar.

El Cielo los ideales que alberga el espíritu de un estudiante